Carlo Caraffa bécsi nuncius az 1625. évi soproni országgyűlésen, In: Dominkovits, Péter; Katona, Csaba; Pálffy, Géza (szerk. ) Amikor Sopronra figyelt Európa. Az 1625. évi soproni koronázó országgyűlés, Magyar Nemzeti Levéltár Győr-Moson-Sopron megyei Soproni Levéltára; MTA Bölcsészettudományi Kutatóközpont Történettudományi Intézet (2020) pp. 123-243. dokumentum típusa: Könyvrészlet/Szaktanulmány független idéző közlemények száma: 22 nyelv: magyar Molnár Antal: Szerb ortodox egyházszervezet a hódolt Magyarországon, In: Csáki, Tamás; Golub, Xénia (szerk. ) Szerb székesegyház a Tabánban, Budapesti Történeti Múzeum (2019) pp. 32-63. dokumentum típusa: Könyvrészlet/Szaktanulmány független idéző közlemények száma: 2 nyelv: magyar Molnár Antal: Confessionalization on the Frontier: The Balkan Catholics between Roman Reform and Ottoman Reality, Viella dokumentum típusa: Könyv/Szakkönyv független idéző közlemények száma: 7 nyelv: angol Molnár Antal: The Bosnian Franciscans in Ottoman Pest-Buda, In: Fodor, Pál; Kovács, Nándor Erik; Péri, Benedek (szerk. )
Interjú Molnár Antal történésszel
Molnár Antal 2019 szeptemberében védte meg akadémiai doktori értekezését; a disszertáció alapján írott könyve decemberben látott napvilágot, Magyar hódoltság, horvát hódoltság. Magyar és horvát katolikus egyházi intézmények az oszmán uralom alatt címmel, a Történettudományi Intézet Magyar Történelmi Emlékek sorozatában. A kötet a szerző negyedszázados kutatásainak eredményeit összegezi, amelyeket Rómában és számos magyarországi és horvátországi levéltárban folytatott a Katolikus Egyház 16–17. századi történelméről. A középkori Magyar Királyság 1541 után három különböző államalakulat keretében maradt fenn. Az ország északi és nyugati felében a Habsburg Monarchia részeként működött tovább; a délkeleti területeken alakult meg az oszmán adófizető Erdélyi Fejedelemség; az egykori királyság középső, központi vidéke a fővárossal, Budával együtt az Oszmán Birodalom egyik tartománya lett. Molnár Antal könyvének kiindulópontja a török hódítás alatt megvalósult oszmán–magyar kettős uralom, a kondomínium kérdése: mi tette lehetővé, hogy az oszmánok, történelmükben egyedülálló módon kénytelenek voltak eltűrni, hogy a meghódított magyar területeken a magyar uralmi szervek, a földesurak, a vármegyék és a Katolikus Egyház adóztasson, közigazgatást működtessen és jogszolgáltatást folytasson.
Molnár Antal történész 1994-ben megkezdett római levéltári kutatásai először csak a magyar hódoltság jezsuita missziói történetének feldolgozását célozták meg, ez azonban hamarosan a szentszéki missziószervezés egészének vizsgálatához és feldolgozásához vezetett. 1999-ben megvédett PhD disszertációjának kibővített, publikált változata, a "Katolikus missziók a hódolt Magyarországon" című, közel 600 oldalas monográfia, emellett a kalocsai érsekség, a szegedi ferences kolostor, legutóbb pedig a Dunántúl katolikus missziói török kori történetének feldolgozásai túlnőttek a szorosan vett egyháztörténeten: a 16-17. századi művelődéstörténet egyik, eddig alig ismert részletét dolgozták fel, és bőségesen foglalkoztak a magyarok és a hódoltságba betelepedő délszlávok, illetve keresztények és muszlimok együttélésével. S mivel már munkája kezdetén látta, hogy Magyarország török harmada nemcsak politikailag, hanem a katolikus egyházszervezésben is a Balkán-félszigethez kötődött, egyre behatóbban foglalkozott a balkáni viszonyokkal és a hódoltság balkáni népességével is.
2021. február 22-étől a Vatikánban működő a Történettudományok Pápai Bizottsága (Pontificio Comitato di Scienze Storiche) tagja. Munkássága Szerkesztés Tudományos kutatásainak témája elsősorban a katolikus egyház kora újkori története, a hódolt Magyarország és a Balkán-félsziget története a 16–17. században. 18 önálló kötete (ebből négy társszerzővel, kettő angol, egy olasz, egy német és egy francia nyelven) és több mint 200 tanulmánya látott napvilágot. Kutatásainak legnagyobb eredménye, hogy sokrétűen mutatta be a magyar és nemzetközi történészszakma számára a hódolt Magyarország balkáni kapcsolatait: a boszniai ferenceseket, a szerb ortodox egyházat, a raguzai kereskedőket, illetve a szentszéki missziók szervezetének és működésének bonyolult rendszerét. Emellett a magyar kutatásban elsőként vállalkozott arra, hogy a felekezetszervezés nemzetközi modelljét egy magyarországi helyi példán, Gyöngyös és vonzáskörzete 16–17. századi egyháztörténetén keresztül alkalmazza. Ezzel jelentősen hozzájárult az európai reformációtörténet nemzetközi tanulságainak magyarországi hasznosításához.