Úgy vélik, ez a mutáns valamikor 2000 éve bukkant föl Európában. Kontinensünk lakói a jelek szerint valamilyen mértékben rezisztenssé váltak a betegséggel szemben a XIV. és a XVII. század közti időszakban. Fekete patkány. Lehet, hogy mégis ártatlan? Vírusra utal a betegség gyors megjelenése és ugyancsak gyors lecsengése is. De mi lehetett ez a vírus? Scott és Duncan szerint valamilyen vérzést okozó filovírusról lehet szó, olyanról, mint az ebola kiváltója. Nem ez a első eset, hogy az ebolát hírbe hozzák korábbi nagy járványokkal. Amerikai kutatók szerint az i. e. 430-ban Athénban pusztító járvány, melyről egy korabeli történetíró is megemlékezik, a tünetek alapján szintén az ebolához hasonló megbetegedéseket okozott. Vannak azonban a fekete halálra más "jelöltek" is, így pl. az afrikai Lassa-láz, vagy az eurázsiai hantavírus. További kérdés, honnan származhatott a vírus. A fekete halál először Szicíliában ütötte föl a fejét 1347-ben. A helyiek a genovai hajósokat vádolták, akik éppen akkor érkeztek a Krím-félszigetről, ám a hosszú inkubációs időszak alapján a kórokozónak korábban kellett jönnie, méghozzá alighanem Afrikából, mely mindig is a legtöbb emberi patogén melegágya volt.
Az 1347 és 1351 között Európán futótűzként végigsöprő betegség minden idők legpusztítóbb járványa volt. Megölte a népesség egyharmadát, több mint 25 millió embert. Az áldozatoknak nagy fájdalmuk, lázuk volt, bőrükön gennyes foltok jelentek meg, vért hánytak, aztán általában három napon belül meghaltak. A korabeli orvosok csak így emlegették: a fekete halál. Kevés olyan esemény történt a középkori Európában, amelynek olyan súlyos következményei lettek volna, mint a fekete halálnak. Nyugat-Európa népessége egészen a XVI. századig nem érte el az 1348 előtti szintet. Egészen mostanáig általánosan elfogadott volt az a nézet, hogy fekete halál bubópestis volt, egy bolhák terjesztette betegség, mely rágcsálókról terjedt át az emberre. Két liverpooli járványkutató szerint azonban ez tévedés. Ha a járvány terjedését vizsgáljuk, igen kevéssé valószínű, hogy tényleg bubópestis volt, mondja egyikük. A bubópestis-elmélet a XIX. század végén bukkant fel, amikor egy francia bakteriológus, A. Yersin leírta a bubópestis komplex biológiáját, megjegyezve, hogy alaptünetei megegyeznek a fekete haláléval.
A pestist a Yersinia pestis nevű baktérium váltja ki. A kórokozó főként a patkánybolháról kerülhet át emberre, de a betegség cseppfertőzéssel is terjed. Miután a bőr oxigénfelvételében zavar keletkezik, gyakran sötétkék színt kap, innen ered a "fekete halál" kifejezés. Európában az első nagy pestisjárvány 540 után dúlt, ekkor Konstantinápoly félmilliós lakosságából körülbelül százezren maradtak életben. A járvány a 14. században újból kitört Európában, kisebb-nagyobb hullámai még a 17. században is sújtották kontinensüket. E járványokban az európai lakosság egyharmada-fele pusztult el. Distinct Clones of Yersinia pestis Caused the Black Death Olvasta már a Múlt-kor történelmi magazin legújabb számát? kedvezményes előfizetés 1 évre (5 szám) Nyomtatott előfizetés vásárlása bankkártyás fizetés esetén 18% kedvezménnyel. Az éves előfizetés már tartalmazza az őszi különszámot. 7 960 ft 6 490 Ft Digitális előfizetés vásárlása a teljes archívumhoz való hozzáféréssel 50% kedvezménnyel. Az első 500 előfizetőnek.
Némi szerencsével ugyanis a kórokozó DNS-e hosszú ideig megőrződhet az áldozatok fogbelében, vagy a Yersinia pestis proteinjei nyomokban fennmaradhatnak a csontokban. Ám ha maradnak is ilyen anyagok, nehéz kimutatni, mivel a minták az évszázadok folyamán szennyeződhetnek. A Barbara Bramanti, a mainzi Johannes Guttenberg Egyetem antropológusa által vezetett kutatócsoportnak tíz francia, angol és holland áldozat földi maradványaiban sikerült kimutatni a Yersinia pestis specifikus genetikai anyagát. Mivel az olaszországi Parmából és a németországi Augsburgból származó mintákból nem sikerült kimutatni a pestisbaktériumot, ezeket az immunkromatográfia módszerével vizsgálták. Miután a kórokozó jelenlétét sikerült bizonyítani, a kutatók a baktérium 20 genetikai markerét vizsgálták, azt igyekezvén azonosítani, hogy a Yersinia pestis orientális vagy a Yersinia pestis medievalis pusztított-e. Mint kiderült, egyik sem, helyettük a kórokozó két teljesen ismeretlen válfaját fedezték fel, amelyek ősibbek voltak, és különböztek a korunkban Afrikában, Amerikában, a Közel-Keleten és a volt Szovjetunió némely térségében kimutatható baktériumoktól.