Ennek megbosszulásaként császári csapatok szállták meg Patakot, így a XVII. század végén és a XVIII. század első éveiben a pusztítás, a rombolás alapjaiban veszélyeztette a vár létét. 1702-ben a császáriak felrobbantották a külső várat és megrongálták a Vörös-tornyot is. 1703-ban, amikor II. Rákóczi Ferenc kurucai elfoglalták, leégett a fényes várkastély is. Sárospataki vár (Rákóczi vár) Kisokos - Cím, képek, leírás.... Ennek ellenére itt tartották a Rákóczi-szabadságharc 1708-as, a fegyveres harcokban résztvevő jobbágyok hajdúszabadságát rögzítő országgyűlését. A Rákóczi-szabadságharc után osztrák-német eredetű birtokosai voltak a várnak egészen 1945-ig. A Trautson, a Bretzenheim és végül 1875-től a Windischgratz család volt a tulajdonosa. Trautson herceg barokk ízlésben újíttatta meg, a Bretzenheim hercegi család idején kapta a várkastély a romantikus és eklektikus ízlésű külső és udvari homlokzatait, megőrizve ugyanakkor a Vörös-torony XVI-XVII. századi, késő reneszánsz jellegét. A vár falai között megfordult Bocskai István, Bethlen Gábor, Comenius.
1708-ban a Rákóczi várban tartották a szabadságharc híres utolsó, jobbágyfelszabadító országgyűlését. A szabadságharc után az osztrák herceg tulajdonába került, aki kényelmes főúri palotát alakított ki belőle, és ezzel a vár védelmi jellege megszűnt. Kiállítások A Rákócziak dicső kora című állandó kiállítás szabadon látogatható. Bemutatja a család történetét II. Rákóczi Ferenc fejedelem életére fókuszálva, a szabadságharc eseményeit és Sárospatak 17-18. századi történelmébe enged betekintést. A Sub Rosa terem a vár egy kerek erkélyszobája, ahol a híres Wesselényi-féle összeesküvés titkos tárgyalásait tartották. A Vörös torony, mely csak idegenvezetéssel tekinthető meg, az észak-itáliai Alessandro Vedani tervei alapján épült. Első emeletének magasságáig megőrizte a 16. Sárospataki rákóczi var matin. századi állapotát. A torony tetején létesített teraszról jól belátni az egész várat, gyönyörű kilátás nyílik a Bodrogra, és Sárospatakra. 1631-től 1648-ig működött a Sárospataki vár udvarán I. Rákóczi György ágyúöntő műhelye.
Szintén egyedi elem a Vörös-tornyot délkeletről övező ötszögű, kazamatás bástya, vagyis "párkány". Építészeti és történelmi szempontból is érdekes a Sub Rosa, vagyis a kerek erkélyszoba, amelyben állítólag a Wesselényi-féle főúri összeesküvés vezetői találkoztak. A helyiség mennyezetét rózsák díszítik, innen kapta a nevét: "Sub Rosa" annyit tesz, "a rózsa alatt"; de egy időben a titkosság szinonimájaként is használták. A Sárospataki vártemplom északi fala egyben a vár védőfala; a monumentális építményt szintén érdemes megtekinteni, ugyanis Észak-Magyarország egyik legnagyobb gótikus csarnoktemplomaként kívül-belül egyedülálló látvánnyal kecsegtet. Jelenleg a Magyar Nemzeti Múzeum Rákóczi Múzeuma található az épületben; többféle kiállítást is berendeztek a falak között. Sárospataki rákóczi var paca. A látogatók megismerhetik a Rákócziak korát, a hegyaljai szőlészetet és borászatot, idegenvezetővel bejárhatják a Vörös-tornyot, és benézhetnek egy igazi reneszánsz konyhába is. Ami igazi különlegességnek számít, az a 2014-ben megnyitott ágyúöntő műhely, amit még I. Rákóczi György alapított.